Testato sequenziamento di massa del genoma con il moscerino della frutta

Roma – “Ora è del tutto fattibile pensare di assemblare genomi per centinaia o migliaia di specie, anche con il budget di ricerca di un singolo laboratorio”. E’ quanto dichiarato dagli autori di un nuovo studio che ha usato il sequenziamento su larga scala del genoma per avere informazioni più complete sulla “famiglia” del cosiddetto moscerino della frutta. Lo studio è stato pubblicato su PLoS Biology ed è stato guidato dalla Stanford University. I moscerini della frutta sono organismi modello classici nella ricerca biologica. Con oltre 4.400 specie, la diversità della famiglia dei moscerini della frutta potrebbe offrire spunti su modelli e processi evolutivi. Ma solo una frazione di queste specie ha il proprio genoma sequenziato e la maggior parte delle sequenze del genoma dei moscerini della frutta pubblicate provengono da un insieme molto limitato di specie. Per risolvere questo problema, i ricercatori hanno sequenziato i genomi di 179 specie di moscerini nella famiglia dei Drosophilidae, tra cui moscerini catturati in natura, esemplari museali conservati e ceppi allevati in laboratorio. Utilizzando un approccio di sequenziamento ibrido che combina le più recenti tecnologie di sequenziamento a lettura breve e lunga, sono stati in grado di produrre sequenze genomiche a basso costo e di alta qualità da materiale limitato. Hanno utilizzato le nuove sequenze genomiche e i dati pubblicati in precedenza per produrre un albero filogenetico per 360 specie nella famiglia dei Drosophilidae, perfezionando la nostra comprensione delle relazioni evolutive di queste specie. Hanno anche allineato quasi 300 genomi di moscerini della frutta come strumento open source per future ricerche di genomica comparativa, come un allineamento dell’intero genoma. Sebbene siano in corso sforzi di sequenziamento su larga scala per organismi più grandi come i mammiferi, questo studio dimostra che è ora possibile sequenziare il genoma anche per piccoli organismi come singole moscerini, persino quelli conservati nei musei per due decenni. Gli autori aggiungono: “Questo tipo di campionamento su larga scala a livello di clade ci fornirà un livello di risoluzione senza precedenti per studiare le sequenze del genoma di gruppi diversi come i moscerini della frutta e oltre, il che sicuramente migliorerà la nostra comprensione del processo evolutivo”. (30science.com)